Смена власти и восхождение на чешский престол эрцгерцога Габсбургского Фердинанда I для Праги скорее стало положительным, нежели отрицательным изменением. Сразу после этого события в Прагу начали прибывать поселенцы из других стран Европы, большой частью из Италии. Это благоприятно сказывается на зодчестве города, ведь итальянские мастера начинают возводить здания в ренессансном стиле.
С приходом к власти Рудольфа II, в Праге начинается второй Золотой век. Этот человек смог превратить города в крупнейший центр мировой политики и культуры. После короля Карла IV Рудольф II смог сотворить невозможное. При нем город начал процветать. Он собрал при своем дворце множество выдающихся деятелей искусства и науки того времени. Талантливые художники, скульпторы, ювелиры, поэты, астрономы и даже алхимики собрались в славном городе Праге.Помимо восстановления города и повышения его статуса среди других европейских городов, Рудольф II увлекался коллекционированием предметов искусства. Он даже приказал отделать два больших зала Королевского дворца под его коллекции. Так появились Испанский зал и галерея Рудольфа. За свою жизнь он смог собрать немало прекрасных произведений искусства.
К сожалению, со смертью монарха пришла и смерть Праги как культурного центра Европы. Весь королевский двор распался, а новый король Матиаш сделал столицей Вену. При этом перевез туда большую часть коллекции Рудольфа II. Позднее последовало восстание чешской знати, что повлекло за собой Тридцатилетнюю войну. За эти долгие годы Прага ни раз была захвачена и разграблена.
Как только закончилась война, возобновилось строительство. Возводились церкви и дворцы в стиле барокко. Местная знать, хотела показать, что их город не хуже Вены. Позднее, под влиянием столицы, в Праге начал развиваться новый стиль – рококо. Таким образом, из города-крепости Прага преобразилась в светскую европейскую столицу.